Das Nordfriisk Instituut wird getragen vom Verein Nordfriesisches Institut e.V. Er wurde 1948 von Heimatforschern gegründet, mit dem Anspruch, die politische Vereinnahmung während der Zeit des Nationalsozialismus durch eine politisch wie national neutrale, streng wissenschaftliche Erforschung friesischer Sprache, Geschichte und Kultur zu überwinden. 1964 wurde beschlossen, diese Arbeit zu institutionalisieren und das Nordfriisk Instituut zu schaffen.
Hauptaufgaben des Vereines mit seinen Gremien sind die Verantwortung für Haushalt, Personal und Arbeitsprogramm des Nordfriisk Instituut, die Vertretung des Instituts auf der rechtlichen und politischen Ebene, die überregionale wissenschaftliche Vernetzung, vor allem aber die Einbindung aktiver Heimatforscher in den Arbeitsgruppen.